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质粒载体可以有效地运载外源基因片段进入受体细胞，可以独立自主大量复制并且很容易从宿主细胞中分离纯化，因而在分子生物学使用十分广泛。常用的载体可分为克隆载体和表达载体，根据载体进入受体细胞的不同，分为原核细胞表达载体、真核细胞表达载体以及穿梭载体。
分子克隆是在分子水平上提供一种纯化和扩增特定DNA片段的方法。常含有目的基因，用体外重组方法将它们插入克隆载体，形成重组克隆载体，通过转化与转导的方式，引入适合的寄主体内得到复制与扩增，然后再从筛选的寄主细胞内分离提纯所需的克隆载体，可以得到插入DNA的许多拷贝，从而获得目的基因的扩增。
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