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DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分DNA甲基化通常能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而抑制基因表达，参与多种疾病包括各种肿瘤的发病机理，DNA甲基化检测对肿瘤恶性程度的判断有重要意义。
1)甲基化特异性PCR(Methylation-specific PCR，MSP)
亚硫酸氢钠处理基因组DNA后，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变;基于这种碱基的改变，根据甲基化位点设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR，通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段，则说明该位点存在甲基化;反之，说明被检测的位点不存在甲基化。MSP法检测具备灵敏度高、快速、简捷等优点。
2)亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR，BSP)
BSP甲基化测序通过对基因组DNA进行重亚硫酸盐处理，非甲基化的胞嘧啶被脱氨基而转变成尿嘧啶，后在PCR反应中尿嘧啶转变成胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶位点保持不变，将PCR产物进行克隆测序，可以分析甲基化发生的具体情况。该方法实验结果准确性高，是甲基化检测的金标准。
3)高分辨率熔解曲线法(High Resolution Melting，HRM)
高分辨率熔解曲线法(High Resolution Melting，HRM)是近年来国外兴起的一种全新突变扫描和基因分型的遗传分析方法。亚硫酸氢盐处理后，甲基化与未甲基化DNA会存在序列差异，这种差异可通过熔解曲线分析来发现，因为甲基化DNA含有更多的GC，相对更难熔解。根据熔解温度及峰型的变化，可轻易区分完全甲基化、完全非甲基化或杂合甲基化。高分辨率熔解(HRM)技术可检出极微小的差别。使用这种方法进行甲基化分析仅需一对引物，相比以往的方法更加快捷、简便和精确。
实验流程
基因组DNA提取——DNA质检及定量——亚硫酸氢钠修饰——DNA修饰纯化后回收——引物设计——PCR扩增——甲基化修饰检测——数据分析。
样品要求
1)细胞样品：细胞数≥106;
2)组织样品：总量≥0.50;
3)血液样品：体积≥1mL;
4)基因组DNA样品：体积≥20μL，浓度≥50ng/μL。
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